Выглядит как будто виджет сначала заливается белым, а потом уже рисуется код.
Я страдал целый год и вот, когда начал переползать на vim, внезапно нашел решение. Делюсь. Может кто-то еще мучается.
В .gtkrc-2.0 нужно вставить следующее:
style "snaked-dark-background" {
bg[NORMAL] = "#242424" # Нужный цвет фона, совпадающий с темой подсветки
}
widget "SnakedWindow.*.GtkSourceView" style "snaked-dark-background"
Где «SnakedWindow» название главного окна приложения. Узнать можно через gtkparasite.