Не знаю как в R, а для гнуплота матрица 1000x1000 просто неподъемная. Опять таки не знаю как в R, но если рисовать ее в виде поверхности, то
это ИМНО для любой рисовалки трэш угар и содомия - что Вы на такой матрице увидеть то хотите? Если рисовать цветом (значение в каждой ячейке передаются цвектов соотв пикселя), то картинка с трудом влезет на экран, нормальная рисовалка такое делает за секунды или даже доли секунды.
И главное - 1000х1000, поверхность, линиями - просто тупо не видно нифига будет. Что бы линия четко читалась, нужно что бы она в основном шла свободно не пересекаясь с другими линиями. Или это нужен монитор с разрешением over 30000х20000. Если цветом (поверхность, гнуплотовый стиль pm3d) - что то еще можно будет понять, и то если поверхность гладкая без каких то мелкомасштабных особенностей. А тогда нафига стока точек?
> ?levelplot
> system.time(print(levelplot(d)))
пользователь система прошло
7.493 1.096 8.658
> system.time(print(levelplot(d,useRaster = FALSE)))
пользователь система прошло
7.496 1.164 8.726
> system.time(print(levelplot(d,useRaster = TRUE)))
пользователь система прошло
1.544 0.744 2.307
PS ну и самая быстрая сборка lattice обычно та что идет с дистрибутивом я заметил. разбираться что там критично при сборке я например не стал, мне и так скорости хватает (гораздо важнее «правильная» векторная графика в документе).