процесс становится зомби

Может сигнал надо посылать какой-то особый?

Надо в родителе либо ставить SIG_IGN обработчиком для SIGCHLD, либо вызывать wait

он указывается при создании subprocess.Popen?

нашел пример:

signal.signal(signal.SIGINT, signal.SIG_IGN)
pid = subprocess.Popen(shlex.split(command), stdout=pipe, stderr=pipe)
signal.signal(signal.SIGINT, signal.SIG_DFL)

попробовал сделать так:
signal.signal(signal.SIGCHLD, signal.SIG_IGN)

но если внутри потока, перед созданием subprocess - пишет что сигналы можно использовать только в главном треде

а если перед созданием потока, то поток почему-то умирает

а если перед созданием потока, то поток почему-то умирает

Выясняй почему умирает.

вот такой пример нормально работает:

class MyThread (threading.Thread):
    def run(self):
        subprocess.Popen(['ls', '-l', '/tmp'])

signal.signal(signal.SIGCHLD,signal.SIG_IGN)

MyThread().start()

while 1:
    time.sleep(1)

так явно же ересь написана. Ты сначала ставишь обработчик в SIG_IGN, а через строчку в SIG_DFL. Ты уж определись чего ты хочешь: игнорировать или принимать.

Я думаю, это из-за того, что вы не считали код завершения