Необходимо, чтобы Linux грузился без LILO

Linux не может грузиться просто так, его грузит либо LiLO, либо Loadlin, либо кто-то еще.

Просто так, без LILO, Линукс может грузиться только с диска 3,5"

если лило уже установил, а хочешь грузиться без него, то сначала снеси его - fdisk /mbr перед этим не забудь списать файлик vmlinuz к себе на партицию, с которой хочешь грузиться (наверное у тебя все-таки две ос стоят), например на партицию винды. перепиши с дистрибутива линукса loadlin туда-же и сделай батник linux.bat: loadlin.exe c:\vmlinuz root=/dev/hdd2 hdd2 измени на свою - это корневая партиция линукса теперь можешь грузить линукс хоть с винды... если на винте стоит только линукс, то проблема наверное в другом - хочешь чтобы линукс грузился сразу, не требуя его выбрать и не ждать несколько секунд, тогда смотри описание лило - там можно поставить какую ос грузить по умолчанию и сколько времени ждать выбора...

1) Убираешь строку prompt из файла /etc/lilo.conf
2) запускаешь lilo
все готово