Как по окну определить выполняемый файл на диске?

xprop что-то подобное умеет вроде.

из консоли невозможно выбрать окно ткнув в него мышью

4.2 xprop

В общем случае это невозможно. Окно здесь, а процесс на удаленной машине (учи: «сетевая прозрачность Хов»)

В общем случае это невозможно.

а в Wayland ?

а в Wayland ?

так же как и в Wonderland

В общем случае это невозможно.

Я не согласен с категоричностью утверждения. Итак, мы имеем клиент-серверное приложение, в котором на клиентской стороне некоторая библиотека загружается в процесс и обеспечивает общение с серевером (узнавая его адрес из переменной окружения DESKTOP).

Так как идентификаторы окон совпадают на клиентской и серверной части, мы можем на клиентской стороне выяснить, какое именно приложение создало окно.

Мне видится возможнось во-первых пропатчить клиентскую библиотеку X-ов (не знаю, как она называется, но наверняка сеществует), во-вторых, обеспечить возможность подключения к ней. На сервере можно дописать специальные функции, патченная библиотека сама всё пришлёт (она знает, где сервер).

Я думаю, что кто-то уже реализовал подобное, теперь надо найти.

Угу, в Unity, например, такой костыль есть, чтобы окна в док корректно совать.

по какому ключевому слову его можно найти в поисковике?

Вперед и с песней. Собственно в SELinux-расширении для X (если мне склероз не изменяет то это XACE) уже это проделано, но только для случаев, когда приложение и X-сервер выполняются на одном хосте.

bamf, если память не изменяет.