Wine стоит 1.7, из убунтового ppa. Проблема проявляется как минимум в Hearthstone, в других играх пока не пробовал - alt+tab не скрывает игру, а просто возвращает мышь и фокус иксам. После этого игру можно просто взять и передвинуть за край экрана.
В настройках Hearthstone стоит «full screen».