Как обновить arch без некоторых программ

--ignore <package> Directs pacman to ignore upgrades of package even if there is one available. Multiple packages can be specified by separating them with a comma.

Отредактировать /etc/pacman.conf, добавить названия пакетов в IgnorePkg

Как уже написали, IgnorePkg (IgnoreGroup). И быть готовым к тому, что всё сломается.

А не лучше ли, по вики, использовать специальные Xorg repositories?

Для постоянного игнорирования удобнее отредактировать pacman.conf. Для одиночного --ignore, или, при использовании yaourt, при обновлении нажать m и отредактировать список

Нужно очень внимательно почитать https://wiki.archlinux.org/index.php/Catalyst

можно узнать, зачем тебе это?

так написано, что catalyst и xorg.