ограничить sudo

Вероятно, это делается средствами MAC.

Такое реализуется через privilege separation — с одной стороны или через systrace. Sudo тут почти нипричём.

Вангую что ТС имеет ввиду процесс, овнер у которого рут. Сейчас так, да. судо == рут.

А что процесс должен делать, может проще что-то разрешить процессу и не запускать через sudo?

процесс этот игра counter-strike в которой есть модули .so с помощью которых есть листинг директорий по всему дедику. Запуск игры производится через sudo -u и определенный юзер, но лазить этот юзер может куда хочет, даже копировать, удалять файлы некоторые.

лазить этот юзер может куда хочет, даже копировать, удалять файлы некоторые.

Обычным chmod расставить на файлы права, чтобы этот юзер не мог из прочесть/удалить, не вариант?

судо == рут

Абсолютно не обязательно.

ставил chmod различные варианты, тогда сервер не запускается, говорит ему прав не хватает

Запускай свой процесс в: chroot, AppArmor, SELinux, TOMOYO.