cd в терминале работает с задержкой в 200-400мс

Полсекунды измеряется субъективно. Вряд ли кто-то сейчас скажет, что у него 250мс или 600.

SSD это хорошо, но может проц слабоват/загружен. Дисковая подсистема нагружена раздачей торрентов.

Ты в эмуляторе терминала пробуешь? Попробуй в голой консоле - Alt-Ctrl-F1 (обратно Alt-Ctrl-F7). Так же будет тормозить?

смотри где задержки с помощью strace

Попробуй другой эмулятор терминала, например xterm, urxvt, konsole

Так, проблема не в терминале. Когда открываю некоторые приложения (особенно заметно с Chrome, но так же Ubuntu Software Center) система начинает подтупливать - анимации, некоторые действия - все с лагом. Закрываю - все летает. С FF все летает.