Как разбить флешку на 2 логических диска.

Берёшь и нарезаешь. Флешка ничем не отличается от обычного диска в этом плане.

Если что, имейте в виду, Windows не умеет работать с разделами флешек дальше первого.

Это очень хорошо! Она в своими грязными ручками не портит раздел с линуксом.

Если флэха поддерживает, лучше её прошить для этих целей как жёсткий диск → винда будет видеть все разделы на ней. Иногда можно прошить как ДВА ЖД, причём каждый будет самостоятельным загрузочным устройством.

Но посфт прошивочный под винду скорее всего. Искать под пидом-видом в инетах.

Тут контроллер флехи будет говорить, что на нем несколько устройств, и обслуживать будет каждое самостоятельно. ОС тут не причем, сколько устройств видит, столько и обслуживает. Но на устройстве более одного раздела Windows по-прежнему обслуживать не может.

лучше её прошить для этих целей как жёсткий диск

Руками.

Используя GParted. Проще простого)

Да мне оно и не надо. Хотя на всякий случай второй диск сделаю в конце. Я эту флешку обычно использую для создания загрузочного диска. а так смогу не парится с сохранением файлов перед форматированием.

Лучше в 2 именно «диска» разбить, а не раздела, т.к. много софта предлагает установить развернуть образ именно на всё устройство.