Проблема в том, что KDE Partion Manager не выравнивает границы разделов, что необходимо делать в новых HDD с размером сектора 4096 вместо 512.
Вот скрин вывода: sudo fdisk -l
Скрин сделан на последней на сегодня версии kubuntu 14.04.4
Как видно после списка дисков выводится предупреждение. И эта проблема существует уже года 3, как купил HDD так её и вижу.
В gparted всё нормально работает. Так что при установке системы приходится устанавливать по сети gparted и уже в нём разбивать разделы. Причем в kubuntu проблема есть и в менеджере разделов используемом в меню установки системы! То есть нормально установить систему на HDD с размером сектора в 4096 нельзя! Нельзя в течении вот уже 3-х лет!
И не только! Я даже debian пробовал, (правда довольно давно) и там этот баг в редакции KDE тоже есть! Насколько я помню этот баг там даже в текстовом режиме установки системы есть! И на момент установки Debian моему HDD было не меньше года!