Есть ли смысл шифровать home folder, если жест.диск уже зашифрован?

Да, но только если другим ключом.

Какой?

Корме двойного уровня защиты.

Зависит. Заведи каталог ~/classified для особо секретного, и его шифруй. Идея в том, что ~ нужен в любом случае, а такой каталог можно расшифровывать только когда надо.

Какой именно в этом смысл, не пойму? Т.е. если ЖД зашифрован, то до зашифрованных директорий тоже не получится добраться.

У любого шифра есть ключ, если человек знает ключ шифра жесткого диска, а /home зашифрована так же, то ему не составит труда расшифровать её, а если она зашифрована другим ключом, то ему придется знать оба.

В идеале должно быть: один пароль на root, отдельный пароль на каждого юзера, один ключ шифрования для файловой системы, отдельный ключ шифрования для каждого раздела жесткого диска и директорий пользователя.

Если Вам действительно необходима такая зашита, то, вероятно, после подписки о неразглашении Вам всё расскажут.

На выключенной системе.

Про swap и bios забыл :)

Ну... С точки зрения паранойи - имеет.

С практической - не факт. Ибо терморектальный криптоанализ ещё никто не отменял.