По ошибке удалил /var/lib/pacman/local, а там, оказывается, база установленных пакетов хранится. Скопировал её с прежнего снапшота, но между этими датами было много установленных/удалённых пакетов. Обновление системы зацепило много пакетов, но явно не все.
Есть ли способ привести базу pacman в соответствие с фактическим состоянием системы?
