Странно, что не пять звёзд

Скопируй, поправь fstab, перезагрузись. Это же не /var, там просто так ничего не меняется.

mkdir /usr_new; cp -a /usr/* /usr_new

vi /etc/fstab

init=/bin/bash

mount -o remount,rw /

mv /usr_new /usr

echo b > /proc/sysrq-trigger

Скопируй

перемаунтить usr? в usr1?

init=/bin/bash

вот это я не понял

При загрузке передать ядру параметр.

Можно. Хотя если у тебя в /usr вся система (рач, федора), придётся это делать из initramfs.

mkdir /tmp/root
mount -o bind / /tmp/root
cp -ar /usr/* /tmp/root/usr/

Далее правка /etc/fstab для комментирования строки монтирование /usr и перезагрузка.

sudo telinit s # переходим в однопользовательский режим без иксов
umount /usr # отмонтируем /usr
mount /dev/sdb1 /mnt # монтируем раздел с содержимым /usr как /mnt
# (вместо /dev/sdb1 задать нужный файл устройства)
cp -var /mnt/* /usr/ # Копируем раздел /dev/sdb1 в каталог /usr/ корневого раздела
vi /etc/fstab # Открываем в редакторе файл fstab

Внутри vi:

/\/usr # Ищем строчку, монтирующую /usr
i # переходим в режим вставки текста
# вводим в начале этой строки #, комментируя её
ESC # выход из режима редактирования
:wq # сохраняем и выходим из редактора

Снова в shell:

telinit 5 # переходим в графический режим

В твоём линуксе открытые на выполнение файлы для копирования блокируются как в Windows? Только в этом случае я понимаю невозможность манипуляций с ФС.

Загрузиться в single user mode, желательно в статически слинкованный шелл(например busybox). Перемонтировать usr в usr1, создать директорию usr, скопировать туда всё содержимое usr1, отмонтировать usr1, поправить fstab, перегрузиться

Они не блокируются, но можно например запороть себе бинарники так что новые запускать ты не сможешь. Говорю как человек, которому нужно было перенести /lib и /usr/lib наживую - без понимания, что можно всё упороть и знания как вернуть всё взад за это лучше не браться.

А как насчёт скопировать /usr в /usr_on_root,
перезагрузиться в recovery mode,
поправить fstab и удалить пустой размонтированный /usr,
переименовать /usr_on_root в /usr и перезагрузиться?
Разве не сработает?

И всегда ведь можно поиздеваться над виртульной машиной.

man tar

переименовать /usr_on_root в /usr и перезагрузиться?

Лучше уж на живой системе скопировать содержимое /usr в /usr на корневом разделе. Тогда нужно всего-то закомментировать строчку с монтированием /usr в fstab. И обратно можно откатиться просто расскоментированием этой строчки.

Сделай бекап с помощью tar с соблюдением прав, загрузись с livecd, сделай одну фс, разархивируй на ней бекап, отредактируй fstab, поставь загрузчик если слетел и запускай систему с диска.