процесс md от имени пользователя user грузит процессор на 100%

Это майнер, убивай его и проверяй систему на бекдоры, md не должен работать от user`а.

как проверить на бекдоры? И если не дает убить процесс?

убил процесс kill -9 от рута

Где он лежал? В каталоге пользователя?

И через некоторое время появляется снова

Просто в командной строке от рута: kill -9 номер процесса.... А он снова появляется через пару минут...

как проверить на бекдоры?

chkrootkit попробуй

Дык посмотри где он лежит с readlink -f /proc/<PID>/exe. PID это PID этого процесса

Ещё rkhunter можно попробовать

/home/user/.info/md

Не нашел ничего лучшего, как избавиться от пользователя user

если смогли создать юзера (или он же там был?) и положить туда свой бинарь - как минимум у поломавших тебя есть рут. И ты просто уже не можешь доверять своей системе. 1) пытаешься понять, как именно тебя поломали 2) полная переустановка системы + залатываешь дыры из п1