От задач зависит. Плазмидки клепать GENtle неплох, Ape сойдет. Есть еще SnapGene (проприетарщина, стоит денег!). У всех трех есть пара функций который нет в UGENE - виртуальный форез после рестрикции и сведение двух сиквенсов по сенгеру (плюс и минус цепь) в одну последовательность. Snapgene еще автоматически аннотирует плазмиды даже в бесплатном вьювере - загружаешь фасту, а он сам находит промоторы, гены устройчивости и тж. Даже определяет что за белок во вставке. Как редактор множественных выравниваний ИМХО, ugene лучший. JalView гораздо менее удобен.
Цель: множественные выравнивания, филогенетика, дизайн праймеров и олигонуклеотидов для синтеза генов, рестрикция, сборка плазмид.
ApE в Генте есть, но вроде как без мейнтейнера, что печально. Впрочем, UGENE гентушники тоже забросили, поставил с сайта, вроде пашет нормально с 5 кедами. Хотя и думаю - может ебилдик накрапать для текущего UGENE и прислать им?
Вот на работе UGENE использовал для разработки новых праймеров для анализа гена дистрофина методом QF-PCR. Там при наличии делеций или инсерций нарушается функция белка, что проявляется в такой патологии, как миодистрофия Дюшенна-Беккера. И софтина удобная, но всегда хочется узнать, а нет ли чего-то ещё, что может быть таким же или лучше.