Софт под Linux для анализа данных с qPCR анализаторов.

так как нигде больше этот софт не установлен, носитель для установки отсутвует и получается иногда, что нужно одновременно ставить новый эксперимент и анализировать старый.

Это проприетарщина, привыкай. Попробуй pyqpcr, но боюсь он мало поможет с установкой порога отсечения. И файлы придется экспортировать в csv.

Еще есть пакеты для R/Bioconductor (например qpcR в CRAN), в некоторых даже вроде есть поддержка бинарных форматов. Но это скорее для высокопроизводительных экспериментов и статистического обсчета результатов.

Так сложность основная в обсчёте результатов потом. Рассчёт Ct, количества ампликонов. Та софтина делает всё на автомате. А я как представлю себе анализ всего этого (до 96 лунок за постановку, до 4 такмановских зондов на лунку) вручную - руки тянутся искать верёвку, мыло, табуретку.

Это они: https://cran.r-project.org/web/packages/qpcR/index.html

https://www.bioconductor.org/ ?

Ага. R язык специфический правда, на вхождение около года требуется.

ddCt в R/bioconductor считается пакетом с названием (что удивительно) ddCt. Если не поленился сделать серию разведений посчитает и эффективность ПЦР. Есть еще макросы для экселя, но это совсем мазохизм.

http://bioinformatics.uconn.edu/software/

Ссылку сам смотрел? Там нифига по теме нет. И количественный ПЦР - не биоинформатика.

Не, нам таки только Ct и количество копий. Эффективностью в своё время создатели китов озаботились. В Новосибирске.

Во-во.