exfatfs (потомок fat32) и нелегальный ядерный модуль. Или ext3fs и драйвер под винду. Ибо ntfs3g сами ешьте, а fuse для блочных устройств - опасное извращение.
Первый быстрее. Так что сомневаюсь, что боязнь FUSE на ПК имеет под собой здоровые основания, ну и какого-то профита от компилированмя кастомного модуля для ядра тоже вряд ли стоит ожидать.