XTerm & bash

Они не сбиваются, просто в такой ситуации bash запускается не как login shell (-ls), с исполнением "~/.profile" в котором у тебя, наверняка, прописаны все настройки, а в обычном режиме, когда исполняется "~/.bashrc". Прописывай все настройки в нем или запускай bash из xterm с опцией -ls, и все будет хорошо.