LaTeX отступы при переводе в pdf через pdflatex

Подозреваю, что ТС печатает из okular'а, а эта собака добавляет свои отступы! Вот и не совпадает нихрена...

ТС, печатай напрямую — командой lp!

// и да, я категорически против дебилизации: зачем столько левых пакетов подключать, когда отступы родными теховскими командами задаются?

На лишние подключенные пакеты можно не обращать внимание. Я просто скопировал весь текст из тестового .tex файла.

По поводу печати, я пробовал напрямую из evince и с телефона из acrobat. Отступы на распечатанных страницах одинаковые (неправильного размера).

Ну, не знаю, что ты там делаешь, но у меня поля получились как раз заданного размера!

Я про использование пакета geometry - он вообще не нужен!

Дальше, если \special и заработает, то с аргументом pappersize вряд ли поймет, что делать.

Еще стопудово не нужен пакет fancyhdr. Да и насчет нужности microtype я сомневаюсь.

Без microtype на больших абзацах, где я не задаю отличное от дефолтного выравнивание, часть строк залезает на поля, т.е. не переносится. А по fancyhdr, если есть еще способ перенести нумерацию страниц в верхний колонтитул в середину c заданной страницы, подскажи.

часть строк залезает на поля

Соответствующие строки нужно вручную переделать. Но если абзац достаточной ширины, такого не должно быть!

На крайняк можно указать \sloppy, но это совсем некошерно!

способ перенести нумерацию страниц в верхний колонтитул в середину c заданной страницы

Просто в заданном месте меняешь колонтитулы. Чего там непонятного?

Почитай «Все про ТеХ», вопросов не будет!

evince умеет измерять расстояния в pdf? Вангую кривая распечатка. Посмотри в inkscape и gimp.

В gimp и LO Draw тоже больше, чем нужно.