как работает transmission-daemon ?

Так же как и локальный, никаких отличий. Ты с правами накосячил, или что? В логах всё должно быть написано.

Нет, так естественно, быть не должно.

Если перезапустить самого демона (без перезапуска системы), закачки восстанавливаются?

Где хранятся конфиги демона? Такое ощущение, что в каких-то местах, очищаемых при перезагрузке (типа /tmp) или смонтированные в ramfs/tmpfs

Ну по логике если косяк с правами то он бы и не качал ни чего ибо нет прав на директории закачки, логи это хорошо но они сейчас в не зоны доступа, вечером гляну, может прояснится тогда ситуация.

Вечером буду пробовать перезапускать чисто демона , но конфиги хранятся по умолчанию в /etc/ , да и при стирании их он бы не принимал старые директории и логин/пароль при удаленном подключении, они в том же конфиге находятся.

Там могут быть проблемы, например, с правами на директории файлов с конфигами. У трансмишшена свои приколы с работой с ними: например, он при завершении работы полностью перезаписывает свой джейсоновский конфиг. Поэтому, править его, пока работает трансмишен бесполезно, он все равно будет перезаписан.

Попробуй, как писали выше, перезапустить трансмишен без перезапуска системы, сразу все будет понятно. Ну и глянь, естественно, логи

Оно где-то в /var/lib живёт емнип, и конфиги там же. Разве нет?

В моем дистрибутиве, в etc хранятся, вроде, симлинки на конфиге, которые реально лежат где-то в потрохах var, хотя, могу ошибаться

Вы правы но частично, оказалось что сам конфиг в /etc но из /var/lib на него ведет ссылка и кроме того /var/lib.....используется как хранилка торрент файлов , дал права и всё заработало.