Plank не отображает только что открытые программы. Для их отображения нужно переключится на другой рабочий стол и вернуться обратно. Или открыть и закрыть полноэкранный режим в какой-нибудь программе. С закрепленными программами все хорошо и отображаются сразу после их открытия хоть из меню, хоть с панели. Баг или фича? Как чинить и что делать?
PS. Пробовал как plank-git, так и обычную версию.
Из терминала запустил и вижу:
[WARN 12:48:05.003478] [PositionManager:683] Without a draw_value there is trouble ahead for 'Калькулятор'