Регистрация протокола и как это вообще работает?

гугл «обработчики протоколов» пять минут

http://qaru.site/questions/95662/custom-protocol-handler-in-chrome

Круто... Но, во-первых там все ответы про виндоус, а во вторых нет ничего про механику процесса.

https://www.freedesktop.org/wiki/Specifications/shared-mime-info-spec/

Браузеры(по крайней мере Firefox, насчет остальных - хз) под Linux смотрят в том числе и туда

выдели полчаса твоего времени на хороший гуглеж. и все вопросы исчезнут. два слова являющихся отправной точкой поиска я тебе подсказал.

В том числе?
То есть, они могут брать эту информацию из нескольких источников?

https://linux.die.net/man/1/xdg-open

ну у firefox есть ещё собственные настройки обработчиков

Отлично!