pacman предлагает удалять используемые мной пакеты.

Удалил какой-нибудь метапакет, наверное, который их держал.

Первое о чем я подумал это о мета пакете, но нет, не удалял. Установлена все группа моего DE.

данная команда отображает неиспользуемые мной пакеты

Нет, данная команда показывает пакеты, которые не требуются ни одному из установленных пакетов.

Как анон сказал, ты, вероятно, удалил пакет, у которого в зависимостях были нужные тебе пакеты.

Либо у каких-то пакетов обновились зависимости, такое тоже бывает.

удаляй через pacman -R $(pacman -Qdtq)
A так оно тянет еще все зависимости.
To list all packages no longer required as dependencies (orphans):
$ pacman -Qdt

Если есть какие мысли дельные на этот счет

Внимательно самому перебрать список, подумать что нужно, что нет.

То, что некорректно пояснил действие комманды соглашусь, но суть в другом.

Попробовал по новой установить все пакеты моего DE, чтобы встали все зависимости. Но делу это не помогло. Даже mousepad команда прелагает удалять.

Посмотри, каким пакетам требуются пакеты, которые есть в списке:

pacman -Qi имяпакета 

смотрел, все есть. все на месте))

Ты не нужен системе просто, ей и без тебя сложно. А если серьёзно, это команда просто может выводить пакеты, которые ты руками не прописывал в установку, но которые шли как зависимости к DE.

Попробуй явно установить нужные пакеты

Пиздец, а нельзя было сделать команду типа pacman -d пакет для удаления пакета и зависимостей?

Эти вопросы точно не ко мне.
У меня все на алиасах и не парит.

pacman -Rcs