Чем гадать лучше посмотреть что на самом деле на сервере происходит, например сравнить [inline]threading.active_count()[/inline] и с как минимум [inline]/proc/sys/kernel/threads-max[/inline] да с результатами [inline]ulimit -a[/inline], да и тупо проверить что рамы\диска хватает.
А вообще судя по вопросу ты там эти треды как-то там генерируешь без твоего участия, лучше так не делать и взять как минимум ThreadPoolExecutor.