из под какого пользователя работает сайт в docker?

Рабочая среда docker-compose nginx+php-fpm+mysql

Из под какого получается тогда пользователя работа сайт?

студенты живут в общаге. какая фамилия написана в зачётке у (всего) второго этажа?

почитай хоть что-нибудь про docker, глупые вопросы сами отпадут

Внутри каждого контейнера (nginx, php-fpm, mysql) приложение запускается под своим пользователем, вопрос под каким пользователем работает «сайт» некорректный. Не очень понятно, что есть «сайт» в вашем понимании.

Ты бы показал хотя бы свои Dockerfile.

Как правило, php-fpm запускается в отдельном контейнере, не связанном с nginx.