Как в Rsync изменить, редактировать, удалить заданные настройки синхронизации?

Где программа их хранит?

/etc/rsyncd.conf если настроен как демон или в другом файле, который ты указал. Но что-то я сомневаюсь, что это тот самый случай.

Во всех остальных случаях параметры передаются через аргументы командной строки.

Сейчас синхронизация у меня настроена

и как настраивал?

/etc/rsyncd.conf

Этот файл я смотрел, совсем не то.
Настраивал в терминале, типа так:

$ rsync -avh --progress --delete /home/user/documents /tmp/backups/

Если тебе нужно что бы какие-то директории переносились с другими параметрами, то тебе придется вызывать rsync несколько раз.

Первый раз вызываешь с общими параметрами для всех файлов, добавив в исключения те файлы и директории, которые нужно синхронизировать по другому.

Следующий раз запускаешь только синхронизацию нужных файлов, что были в исключениях первый раз, с нужными опциями.

ну это не настраивал, это однократный запуск. Соответственно все, что идет после rsync и есть «настройки», они больше нигде не хранятся.

вот если бы ты сделал запуск с помощью cron, то можно было бы сказать, что настройки лежат в crontab

PS: для KDE есть kup-backup с модулем для systemsettings, может работать с rsync и bup.