Несколько IP адресов в 3proxy

Знаю только как указать в конфиге 3proxy конкретный IP

так укажи несколько раз. Насколько я помню там должно быть что-то типа

proxy … -i<ip1> -p8080 -e<ip1>
proxy … -i<ip2> -p8080 -e<ip2>
proxy … -i<ip3> -p8080 -e<ip3>

На VPS есть несколько IP адресов. Как поднять на них прокси сервер?

По разному, в зависимости от того на каких IP будут входящие, а на каких исходящие подключения и какой именно прокси.

proxy -p{№_порта} -i{internal_IP} -e{external_IP} {другие_нужные_опции}
ftppr -p{№_порта} -i{internal_IP} -e{external_IP} {другие_нужные_опции}
socks -p{№_порта} -i{internal_IP} -e{external_IP} {другие_нужные_опции}
pop3p…
пр.

Можно ли использовать 1 конфиг

Да, писать неслько раз с разными IP (и\или другими опциями). См. man 3proxy.cfg

xgatron, sinaps, благодарю.