Куда надо 3асунуть скрипт с iпtables?

Я бы посмотрел в сторону установки пакета iptables-persistent.

да там кучу правил придется ставить до, потом пуржить пакет потом вставлять правила все, потом 3аново ставить этот пакет

Запускаешь вручную свой скрипт, ставишь iptables-persistent, оно тебе при первой установке предлагает сохранить правила, соглашаешься, после чего в последующие разы изменения конфигурации файрвола переходишь от своего старого скрипта в режим редактирования /etc/iptables/rules.v4, плюс iptables-save и iptables-restore плюс iptables-persistent save плюс iptables-persistent start. Ничего сложного не вижу.

в новой такого файла нет, как быть?

Создать такой файл. :)

У меня сохраненные через iptables-save правила находятся в /etc/iptables/iptables.rules, а в systemd у меня находится скрипт /etc/systemd/system/iptables-restore.service, который вызывает эти правила из файла при каждой загрузке компа.