Обнулились файлы

стали пустыми

После команды touch?

Нет, я их совсем не трогал.

Их и не должно быть
Программа xinit позволяет пользователю вручную запускать дисплейный сервер X

.xresources это параметры компьютерных программ, такие как название шрифта, используемого в кнопках, цвет фона меню и т. Д. Они используются как альтернативы параметрам и конфигурации командной строки.

Тем не менее, ещё утром в них были настройки, а сейчас там пусто.

Ну не ты же их туда писал?

Как это тебе мешает работать?

Я писал. В .Xresources, например, настройки URxvt. В .xinitrc - запуск fvwm.

Уже что-то.

Попробуй запретить изменение файла: chattr +i ~/.xinitrc

Ошибся: настройки были в .Xdefaults и они сохранились. А вот .xinitrc пришлось писать заново.