А есть какое-то свободное ПО для фрагментного анализа?

Что такое фрагментный анализ? Можно ссылки на спец литературу.

Пользуясь случаем, что вы, как сумрачный гений, можете сказать про определиение гаплогрупп дома? Интересно, какие там у меня монголы с аварами, но совсем не хочется отдавать всю эту информацию кому-либо*, да и у поставщиков таких услуг уклон либо в гаплогруппы, либо в вероятность заболеваний по отдельности, а интересно то, другое и сам процесс тоже.

Что для этого нужно? Центрифуга, термоциклёр, дальше что?

* вариант, когда просто сдаю кровь для анализа, а ОНИ везут её в лабораторию и делают дорогостоящие анализы ДНК, чтобы вычислить рассовую принадлежность - не рассматривается ввиду бредовости (а обустраивать молекулярнобиологическую лабораторию дома совсем не бредово, ага)

матлаб платный, но ведь есть пираты?

Очень вкратце тут: https://www.thermofisher.com/md/en/home/life-science/sequencing/sequencing-learning-center/capillary-electrophoresis-information/what-is-fragment-analysis.html

У меня, по сути, меченные флуорофорами праймеры, дающие флуоресцирующие ампликоны. Определяю длину коротких повторов в некоторых генах (например, полиглутаминовых трактов в генах СЦА и хореи Хантингтона). Аспирант я по этой теме.

Вообще мимо кассы.

Ну, термоциклер понадобится не обычный, а с регистрацией свечения. qPCR, короче. Можно взять дешёвые б.у. Cepheid - каналов регистрации много, стоит от 200 до 500 баксов без доставки, правда там пробирки специфичные и контрольный софт под венду. А можно биорад или MJ Research старые, 2 - 4 канальные. Стоят дороже, но используют стандартный пластик, плюс я могу прислать калибровочный набор для биорада, если захочешь прям по уму сделать всё.

По сути, тебе понадобится на каждый локус гаплогруппы 2 праймера и зонд (почитай про технологию TaqMan - там зонд на специфическую мутацию садится между праймерами и разрушается при амплификации экзонуклеазноц активностью Taq полимеразы, давая люминесценцию, если мутация есть). Эти штуки без проблем синтезирует такая контора, как ДНК-синтез: oligos.ru Задизайнить праймеры и зонды могу я (Telegram: @nurgle), естественно, со ссылками на референсные последовательности и литературу, без дураков. Реагенты можешь купить в Сибэнзиме: sibenzyme.ru Всё эти конторы офигенны и работают с физиками без проблем.

Если не найдёшь кПЦР - можно придумать, у кого можно поставить планшет с подготовленными реакциями, знакомств у меня много.

Короче, чувак: пиши в телегу, разберёмся.

Спасибо, но мой интерес по сути пустой. Мне только а) образумить жабу и б) получить кейворды для поиска литературы. Ну и прикинуть сколько такое может стоить.

Твой ответ полностью удовлетворил мою любопытность, и я не буду тебя больше беспокоить.

Ну, на самом деле мне в кайф пообщаться с людьми, интересующимися чём-то смежным со мной. Так что предложение поболтать в силе. Да и с гаплогруппами опыт есть. Я делал то, что описал. По итогу, я оказался R1b S21 (Deutschlsnd, Deutschland ueber alles, ueber alles in der Welt!) по игрек-хромосоме. Нежданчик, блин. Плюс, если прям хочется что-то сделать - я знаю, с кем в Москве скооперироваться для уменьшения расходов на лабу, да и реагентами поделиться могу. С учётом их неядовитости, это вообще без проблем.

В разделе science Дебьяна куча какой-то околонаучной хни, у которой пользователей - полтора мэнээса, но они же являются разработчиками и мейнтейнерами. Ищи там.

Тогда уж portage. Там хотя бы разделение на отрасли, в данном случае - sci-biology.

И всё-таки я сварщик ненастоящий, пипету в руках не держал с дошкольного возраста. До биотехнологии ещё расти и расти.

ну если все побежали смотреть разные вещи, тогда и про spack напомню.

Ну, как только будет свой кластер - это станет прям чём-то хорошим.) До этого для меня это не шибко полезно.

Очень вкратце тут: https://www.thermofisher.com/md/en/home/life-science/sequencing/sequencing-learning-center/capillary-electrophoresis-information/what-is-fragment-analysis.html

А что должен делать софт? Термофишер нарисовал график gnuplot’ом и фрагментный анализ готов.

Оценка качества пиков, качества определения размеров, определение какой пик «настоящий», а какой - «побочный» (при амплификации локусов повторов очень актуально), определение «пересвета» в пике.. Ну и построение графиков - для каждого канала отдельно, ну или всё вместе. Бдв, скорее всего фрагман меня послал из-за низкого качества ДНК для одной из проб. Он не умеет обрабатывать ошибки, только вылетает с сообщением.