Потому что это команда для очистки терминала, а не содержимого файла. Именно эти управляющие последовательности она шлёт. Перенаправлять её вывод в файл смысла не имеет. Ну, разве что дабы узнать, как она работает, не заглядываяв исходники.

А если мне нужно очистить файл?

echo '' > filename

Попробовал, но в файле теперь две строки вместо одной.

Точно. echo -n '' > filename, или : > filename.

Спасибо.

Еще вариант:

cat /dev/null > out.txt

rm file && touch file

truncate -s 0 out.txt

Теперь можно вместо clear использовать cat out.txt

$ dd if=out.txt of=out.txt count=0

Пустой файл:

> out.txt

О, у нас тут конкурс на то, кто лучше очистит файл?

Мой заход:

УберЪ контемпорари линукс вей

echo $(pwd)/out.txt > /etc/truncate.d/10-outtxt.conf

systemctl daemon-reload

systemd-truncated run

sed -ie '/^.*$/d' file

Сомневаюсь что кто-то придумает лучше :-P