booster не пересобирает загрзочний образ при обновлении dkms

Зачем тебе модули ядра для VirtualBox в initramfs / initrd.

В initramfs присутствуют драйверы необходимые для запуска системы, а точнее монтирования корня.

Можно обосновать там наличие модуля nvidia.ko для более ранней инициализации видео карты, но он спокойно подгружается и с корневой фс после ее монтирования. Поэтому целесообразно собирать новый initramfs только при установке нового ядра. А не при пересборке сторонних модулей ядра, не требуемых для монтирования корня.

почему тогда mkinitcpio, стандартный генератор образа для arch Linux, тригериться на dkms пакеты? Например при обновлении nvidia-dkms virtualbox-dkms он пересобирает образ и это занимает секунд 15, а бустер этого не делает

Dkms версиии некоторых пакетов удобны, если модули, которые эти пакеты содержат, обновляются отдельно от ядра, ну, или почти не обновляются, как nvidia-legacy или broadcom-sta. Что до «почему booster этого не делает» – потому что так решил майнтайнер. Не нравится – переделай, да патчик отправь.

там просто можно хук у mkinitcpio скомуниздить, просто не знаю стоит ли

Стоит или нет зависит от нужности функциональности модуля на раннем этапе загрузки. Тот же виртуалбокс загружается, потому что он может использоваться для автоматического запуска виртуальных машин на сервере.