Рисовалка структурных диаграмм

graphviz - есь биндинги ко многим языкам, inkscape - там xml, можно тож на любом языке рисовать.

Под "автоматизированно" имелось ввиду то, что жирные стрелочки (шины) должны рисоваться за 1 прием, а не из 2-х тонких, привязка стреклки к объекту должна сохраняться и т.д. Сам процесс должен быть ручным.

Попробуй посмотреть kicad - An open source software for the creation of electronic schematic diagrams

GNU pic, хотя насчёт стрелок не уверен.