Правильное завершение

как хошь так и правильно # halt тоже катит :D (меньше кнопочков :D )

Всем запушенным приложениям посылается сначала сигнал TERM, а через некоторое время оставшимся в живых - KILL. Поэтому если какое-то приложение например спрашивает пользователя "Действительно ли вы желаете выйти", получив TERM, а Вы не успели ответить, то его просто "срубят", что в общем случае может быть некорректно (может привести к ломаным файлам профилей, логов и пр.). Поэтому второй вариант (сначала выйти из всех приложений, а потом завершать сессию) более верный. Однако, большинству приложений все равно, как их закрывают. Пример приложения, которому не все равно - Firefox с несколькими открытыми tab-ами и включенной настройкой (warn on close if multiple tabs opened). Если включен SessionManager plugin, то при следующей загрузке Вы увидите сообщение о некорректном завершении предыдущей сессии.