Автозагрузка файлов из init.d с правами пользователя.

как вариант, если у пользователя от имени которого нужно запустить приложение есть shell, тогда можно su <имя пользователя> -c "<команда> && exit"

man su

Не знаю, как в debian3, но в этче почти все сервисы запускаются при помощи функций, описанных в /lib/lsb/init-functions, которые позволяют менять uid пользователя, да и вообще предоставляют удобный интерфейс для запуска демонов. Лежит это всё в пакете lsb-base

Если же нужно просто выполнить какую-нить прожку от имени другого пользователя и выйти, то просто su <user> -c <command> или sudo -u <user> <command>

su - birdie << EOF

    id

EOF

Интересно, а каким боком тут chroot?

дык, поэтому он и "на рассматривается" :)