как пометить сбойные сектора ?

Современные винчестеры сами находят и помечают сбойные сектора.
Через smartctl можно узнать счетчик remap-секторов.

1. Запустить программу badblocks
2. Никак
3. Срочно менять винт, не надо пытаться работать на винте, у которого появились "видимые" софту bad-блоки.

Use Victoria, Luke.

http://hddguru.com/content/en/software/2005.10.03-Victoria/