Как отследить зависимости в gentoo

опцию -t добавь.

equery d consolekit

equery d consolekit говорит, что оный нужен для xinit(условная зависимость по USE-флагу hal) и gdm(безусловная зависимость). Через package.use убрал зависимость с xinit. После этого делаю, как советуют выше, emerge с флагом -t (полная команда: emerge --update --deep --newuse -pvt) и вижу, что xinit больше не требует consolekit и в поддереве gdm его тоже нет. Однако, в списке пакетов он есть(сам по себе, как новый пакет). Может я не правильно понимаю как должен работать флаг -t?

возможно этот пакет как-то закрался в твой world? (/var/lib/portage/world)

Он точно новый? не обновление идёт?

В /etc/portage/profile/package.provided добавь sys-auth/consolekit-0.2.3 . Не совсем правильно, но отображаться в зависимостях он больше не будет.

ИМХО, лучше разобраться, почему он не собирается. Что он пишет? У меня - без проблем... Ну, или откажись от GDM.

действительно лучше разобраться из-за чего он не собирается. Попробуй только для него дефолтные опции компилирования.

Еще он вылазить может из-за --newuse (если раньше pam не стоял...)