вот что мне пришло в голову: mathematica (not freeware), euler (gtk+), gtkgraph (obvious!), gplot (или gtkplot, не помню точно) ну и все пожалуй. Да кстати, не все это _чисто_ рисовалки графиков -- некоторые из них -- полнофункциональные мат. пакеты.