удаление программ

Да :)
Вообще, существует некоторые программы которые, не создавая пакетов, позволяют удалить проинсталенные из сырцов программы. Смотри на freshmeat.net

man rm

А где это ты нашел Opera в исходниках?

а вообще смотреть в строну checkinstall

Может быть можно так сделать: make uninstall

В whitebox 0.5 так можно было...

для этого вроде надо исходники держать или я не прав?

опера - closed source. но если вопрос в целом - то тут как повезет. Зависит от того, насколько автор проги позаботился о деинсталляции. Многие пакеты не содержат make uninstall или что еще хуже он работает неверно. Некоторую помощь могут оказать проги, следящие за процессом инсталляции - это уже шаг в сторону пакетных менеджеров, типа deb или rpm..

delay install wo wremennuyu direktoriyu, temporary staging area (naprimer s pomoschyu DEST_DIR -- eto zawisit ot konkretnoy programmy) -- kak pri kross-kompilyatsii sohranyay spiski faylow kotorye installiruesh napish paru skriptow dlya manipulirowaniya imi

ya spiski md5 i stats dopolnitelno sohranyayu.

konechno pri takom processe mnogo melkih detaley nuzhno uchitywat