С некоторых пор постоянно (и сильно - до часа в сутки) отстают часы.
Как бы определить, виноваты это хардверные часы или софтверные? И если виноваты одни из них, заставить систему учитывать только одну систему.
hwclock --show показывает постоянно разницу в доли секунды.