Собственно по сабжу - когда компиляешь ядро, куда падают headers?
То есть насколько я понял, они остаются в папке компиляции (допустим /usr/src/linux*) а так как эти самые хэдэры нужны для установки, например nvidia драйвера и не только, то что нужно оставить - ведь хранить распакованные исходники уже бессмысленно - и от них хочется избавиться.
Так вот вопрос скорее дополнится: «где лежат хэдеры?», и «что необходимо(помимо хэдэров) оставить - чтобы не возникало проблем потом?»