[копирование файлов] регистр символов

Навскидку - никак. Ну то есть есть самба с «preserve case» и «short preserve case», но это настолько костыльный и неправославный метод, что я даже не буду гуглить его за вас.

Архивируйте 7zip'ом, а потом разворачивайте в линуксе. По идее не должно быть проблем ни с регистром, ни с кодировкой.

>Архивируйте 7zip'ом

Ок, спасибо.

Fat32 вроде не умеет верхний регистр.

Как вариант - отформатировать в ext2 :]

man mount на предмет shortname

Что-то вроде:
rename tr/A-Z/a-z/ *

> Fat32 вроде не умеет верхний регистр.

Умеет, но не различает.

Отформатировать флешку в ntfs/ext2?

Вот интересно, как у вас так получается? У меня на флешке фат32, и регистры букв сохраняются. Может, она у вас в какой-нибудь фат16 отформатирована?