Если нужен бэкап загрузчика, достаточно сохранить только его, а остальное - каким-нибудь rsync, tar или cp -R копировать. У вас же на разделе полно ненужного свободного места - зачем его копировать? Да и битые блоки, если таковые имеются, тоже будут считываться.
Если файл не читается, то в большинстве случаев (кроме видео, аудио и текстовых файлов) заполнение нечитающихся участков нулями ни к чему хорошему не приведет.