рабочий стол с jабой

Для этого нужно написать приличненьки плагин для nautilus

Поясни. Тебе нужен для чего? Виджет как в кедах, чтоб данные какието выводил?

Для этого нужно написать приличненьки плагин для nautilus

А просто рисовать в root window нельзя что ли?

Вернее, засунуть туда пресловутое приложение.

Есть апплет (написан на processing), мне он очень нравится :) данные не выводит, просто красивую картинку рисует и постоянно ее изменяет. И хотелось бы, что бы поверх Conky работал нормально, хотя не важно

как это сделать?

Обычно приложения умеют это сами (conky, root-tail и т.п.). Ну и некоторые оконные менеджеры могут это в какой-то степени: в Openbox можно поместить окно в самый нижний слой, и отобрать у него фокус; а в последних версиях, кажется, появилось что-то на тему самого нижнего, корневого окна.