Openbox, xdotool и хоткеи

Можно ли в опенбоксе назначить keybind только для определённого десктопа?

Вроде, нет.

Если нет, можно ли это как-то реализовать сторонними программами?

По сочетанию вызывается программа, которая определяет текущий десктоп, и действует по результатам. Номер можно получть так:

wmctrl -d | awk '/*/ {print $1}'

нумерация с нуля.

Там глобальные хоткеи

По-моему этого вообще никто не умеет. Во всяком случае ни разу не встречал. А зачем это нужно, если не секрет?