Не запускает gui приложения под root

Посмотрите параметры элемента меню для запуска этих приложений, какая программа вызывается для получения повышенных привилегий gksu или gksudo ?
Щелкните правой кнопкой мыши по элементу меню, выберите добавить кнопку запуска к примеру на панель и зайдите в свойства и посмотрите.

В зависимости от того какая программа вызывается требуется ввести пароль либо root либо пользователя судоера.

Если это ничего не даст, попробуйте скопировать строку запуска в терминал, под своим пользователем и выполнить, посмотрите что попадает в стандартный вывод на терминал и что попадает в log на 12 консоли.

действительно запускалось с помощью su

решилось всё как только задал пароль sudo passwd root

Спасибо за помощь =)

Ну это не совсем верное решение на мой взгляд, есть файлы /etc/sudoers, в котором указываются пользователи, которым разрешено получать повышенные привилегии (привилегии root), также можно в нем достаточно детально прописать программы и действия следовательно, для которых разрешено повышение привилегий.
Редактировать его лучше с помощью visudo, хотя и любой другой редактор подойдет.
Пользователь не должен знать пароль root.
Правильнее было бы заменить gksu на gksudo.