Как сохранить настроуки links

Попробуй настроить локаль.

Локаль настроена.

А вот тут есть Настройка -> Option maneger ... может здесь надо поправить?

Может быть. Попробуй (-:

проверь обновляется ли файл с настройками на диске при сохранении (.links). скорее всего что-то с правами и он его просто не записывает