Gentoo: Черные прямоугольники после сег. обновления системы.

Конкретных предположений нет, но у меня был случай на рабочем компе, после обновления системы, не обновлялся 4 месяца до этого, среди прочего обновились X сервер и nvidia-drivers, иксы стали не стабильно работать, падали. Перепробовал разные версии драйверов и x-сервера, всё равно проблема осталась., но затем попробовал собрать xorg-server с use static-libs, падения прекратились, попробуйте, может вам поможет.