Как научить Avogadro оптимизировать структуры органических арсенатов?

1. Построить для нее силовое поле.

2. http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_quantum_chemistry_and_solid_state_physic...

1)И как сие сделать? Для всего остального Avogadro сам силовые поля строит. Как и по каким формулам это сделать за него?

2)Ух ё... сколько их... Ну и какую выбрать- то?)

1. Формул мало, нужные еще надежные эпирические потенциалы которые либо вытаскиваются из спектроскопии, либо считаются ab initio.

2. Вот пойдешь как минимум на 3 курс, там будет «Квантовая химия» — на ней и расскажут.

Из собственного опыта: квантовая химия — единственный предмет, которым не могут заниматься школьники и младшекурсники, потому что школьных знаний просто недостаточно, какая бы крутая школа ни была. Олимпиадники тоже.

>Для всего остального Avogadro сам силовые поля строит.

Силовое поле, точнее набор постоянных для него (force field constants), например ван-дер-ваальсовы радиусы и глубина потенциальной ямы этого взаимодействия, по идее предпосчитаны и хранятся отдельно в виде файла с цифирьками. Можно попробовать поменять метод, которым молекулярная механика считается, на другой, если avogadro это поддерживает. Ну и можно в том же LOR-FAQ-Scientific посмотреть списки считающего софта.

>квантовая химия — единственный предмет, которым не могут заниматься школьники и младшекурсники, потому что школьных знаний просто недостаточно, какая бы крутая школа ни была. Олимпиадники тоже.

С квантами вообще во многих ВУЗах проблема, те же Дженсен или Крамерс по квантам и Лич по молекулярной механике по идее должны быть умному старшекласнику понятны. По квантам на русском есть неплохой учебник Цирельсона, он до двух лучших буржуйских недотягивает по понятности, но всё, что нужно вроде там есть. По MM на русском были тексты на http://www.library.biophys.msu.ru/MolDyn/ и moldyn.ru

Т.е.:

F. Jensen «Introduction to Computational Chemistry» C. J. Cramer «Essentials of Computational Chemistry - Theories and Models» и Leach A.R. Molecular modelling. Principles and applications

Иенсен — это хороший учебник, согласен. Но таки матан, дифуры, основы функана, классмех и квантмех перед квантовой химией знать не то что хорошо, а практически обязательно.

А, черт, линейную алгебру-то забыл, почитай самое главное! Ну и численные методы в объеме хотя бы NR тоже заботать неплохо, если что-то самому ручками пилить хочется.

Вот математику- то я читал очень внимательно.) И вроде знаю хорошо.)

(не глядя в гугл) что такое неравенство Парсеваля?

>>(не глядя в гугл) что такое неравенство Парсеваля?

Он походу сам его с нуля переоткрывает ;)

А вообще Avogadro тянет force field из OpenBabel.

>Можно попробовать поменять метод, которым молекулярная механика считается, на другой, если avogadro это поддерживает.

Ага, поддерживает, Расширения->Молекулярная механика->Настроить силовое поле.

Во! Спасибо! Сменил методику рассчёта- всё рассчиталось прекрасно! Вопрос только: что ж по умолчанию алгоритм такой фиговый юзается.

Во-первых: равенство. Во-вторых: мы векторную алгебру не учили в школе. так что на сей вопрос отвечать не обязательно.)

>Вопрос только: что ж по умолчанию алгоритм такой фиговый юзается.

Ну типа там вопрос ставится более-менее хорошо параметризовать верхнюю половину таблицы Менделеева или хуже, но параметризовать её всю.

Вопрос-то был риторический. Ничего сложного в институтском матане нет, но до знакомства с ним накиданные тебе тут книжки помогут мало - лучше просто потыкай разные зашитые потенциалы.

Ну или же вот для общего понимания главных проблем http://rghost.net/13791081

Ну так и я о чем.

> Ничего сложного в институтском матане нет, но до знакомства с ним накиданные тебе тут книжки помогут мало

ППКС. Добавлю также, что если не хочется быть обезьяной, тыкающей в кнопочки, а также чтобы потом не было мучительно больно за опубликованную фигню, важно иметь систематическое представление о физике и математике молекулярных проблем. Повторюсь, что минимальное представление возникает не ранее 3-ого курса и отнюдь не каждого вуза.

Подкину ещё пару ссылок про то, что и как считают:
http://molecularmodelingbasics.blogspot.com/
http://comporgchem.com/blog/